مشاكل يمكن علاجها مثل دخول الرمل أو الطمي الناعم داخل البئر أو تغير لون المياه مع ظهور بعض الشوائب. كما قد تتجدد مياه المستودعات الجوفية العميقة مباشرة عن طريق المياه التي تتسرب إليها ببطء من مستودعات جوفية أكثر سطحية. وتتميز الآبار العميقة بعدم التلوث مياهها من الناحية البكتريولوجية (الأمر الذي https://www.elmagic.org/%D8%B4%D8%B1%D9%83%D8%A9-%D8%AD%D9%81%D8%B1-%D9%88%D8%AA%D8%B1%D8%AD%D9%8A%D9%84-%D8%A8%D8%A7%D9%84%D8%B1%D9%8A%D8%A7%D8%B6/